Lincoln Stein

Lincoln Stein

Faculté affiliée

Chef de l’oncologie adaptative, Département de génétique moléculaire, Faculté de médecine Temerty, Université de Toronto

Lincoln Stein est un MD/PhD qui travaille sur l’intégration et la visualisation des données biologiques. Après sa formation à la Harvard Medical School, il a travaillé au Whitehead Institute/MIT Center for Genome Research en développant des bases de données utilisées pour les cartes du génome de la souris et de l’humain. De 1998 à 2008, il a été professeur au Cold Spring Harbor Laboratory, travaillant sur diverses bases de données à l’échelle du génome, dont WormBase, la base de données du génome de C. elegans, Gramene, une base de données comparative de cartographie génomique pour le riz et d’autres monocotylédones, la base de données du projet International HapMap, et une base de données sur les voies biologiques humaines appelée Reactome. Il est maintenant chef de l’oncologie adaptative à l’Institut ontarien de recherche sur le cancer à Toronto, où il travaille sur des projets d’intégration de données génomiques à grande échelle, incluant la base de connaissances Reactome sur les voies et processus biologiques, la Bibliothèque pancanadienne du génome et le Consortium international du génome du cancer.

Dans le domaine de l’apprentissage automatique, Lincoln applique actuellement des techniques d’apprentissage profond aux tâches d’identification des sous-types de cancer à partir de schémas de mutations passagers, de prédiction des effets des perturbations des voies biologiques et de création d’interfaces conversationnelles avec des bases de connaissances biologiques.

Intérêts de recherche

  • Biologie computationnelle
  • Apprentissage profond
  • Modélisation générative

Faits marquants

  • Liste Clarivate des chercheurs les plus cités (2019, 2020, 2021, 2022)
  • Prix de la Société canadienne de recherche sur le cancer pour les réalisations exceptionnelles en recherche sur le cancer (2019)
  • Membre, Société internationale de biologie du calcul (2016)
  • Prix Benjamin Franklin pour l’accès libre et libre dans le domaine de la bioinformatique