Lincoln Stein est docteur en médecine et en philosophie (MD/PhD) et travaille dans le domaine de l'intégration et de la visualisation des données biologiques. Après sa formation à la faculté de médecine de Harvard, il a travaillé à l'Institut Whitehead/Centre de recherche sur le génome du MIT, où il a développé des bases de données utilisées pour les cartes des génomes de la souris et de l'humain. De 1998 à 2008, il a été professeur au Cold Spring Harbor Laboratory, où il a travaillé sur diverses bases de données à l'échelle du génome, notamment WormBase (la base de données du génome de C. elegans), Gramene (une base de données de cartographie comparative des génomes du riz et d'autres monocotylédones), la base de données du projet international HapMap et Reactome (une base de données sur les voies biologiques humaines). Il est actuellement chef du département d'oncologie adaptative à l'Institut ontarien de recherche sur le cancer à Toronto, où il travaille sur des projets d'intégration de données génomiques à grande échelle, dont la base de connaissances Reactome sur les voies et processus biologiques, la Bibliothèque pancanadienne du génome et le Consortium international du génome du cancer.

Dans le domaine de l'apprentissage machine, Lincoln applique actuellement des techniques d'apprentissage profond aux tâches d'identification des sous-types de cancer à partir des modèles de mutations passagères, de prédiction des effets des perturbations des voies biologiques et de création d'interfaces conversationnelles pour les bases de connaissances biologiques.