Michael Brudno

Membre du corps professoral

Professeur au département d'informatique de l'Université de Toronto

Chaire d'intelligence artificielle du CIFAR Canada

Scientifique en chef des données, Réseau universitaire de santé

Michael Brudno est professeur au Département d'informatique de l'Université de Toronto et scientifique en chef des données au Réseau universitaire de santé (UHN). Il est également membre du corps professoral de l'Institut Vector et directeur scientifique de HPC4Health, un nuage informatique privé destiné aux hôpitaux de l'Ontario. Ses recherches portent principalement sur le développement de méthodes informatiques pour l'analyse de données cliniques et génomiques, notamment la collecte de données cliniques précises auprès des cliniciens grâce à des interfaces utilisateur efficaces, et leur utilisation dans l'analyse automatisée des génomes. Ses travaux portent sur la collecte de données phénotypiques structurées issues des consultations, à l'aide d'interfaces utilisateur perfectionnées et d'exploration de données non structurées (basée sur des méthodes d'apprentissage automatique), ainsi que sur l'analyse des données omiques (génome, transcriptome, épigénome) dans le contexte des phénotypes structurés des patients, principalement pour les maladies rares. Son objectif global est de permettre l'analyse automatisée et fluide des données omiques des patients à partir des informations collectées automatiquement lors des consultations, afin de rationaliser les flux de travail cliniques et de permettre des traitements plus rapides et plus efficaces.

Après avoir obtenu un baccalauréat en informatique et en histoire à l'Université de Californie à Berkeley, Michael a soutenu sa thèse de doctorat au département d'informatique de l'Université Stanford, où il a travaillé sur les algorithmes d'alignement de génomes entiers. Il a fait un stage postdoctoral à Berkeley et a été chercheur invité au MIT. Il a reçu le Prix ontarien du jeune chercheur, la bourse Sloan et le Prix du jeune informaticien canadien exceptionnel.

Intérêts de recherche

  • Médecine computationnelle
  • Biologie computationnelle
  • Interaction homme-machine

Publications

GA4GH : Politiques et normes internationales pour le partage des données dans la recherche génomique et les soins de santé

Heidi L Rehm, Angela JH Page, Lindsay Smith, Jeremy B Adams, Gil Alterovitz, Lawrence J Babb, Maxmillian P Barkley, Michael Baudis, Michael JS Beauvais, Tim Beck, Jacques S Beckmann, Sergi Beltran, David Bernick, Alexander Bernier, James K Bonfield, Tiffany F Boughtwood, Guillaume Bourque, Sarion R Bowers, Anthony J Brookes, Michael Brudno, Matthew H Brush, David Bujold, Tony Burdett, Orion J Buske, Moran N Cabili, Daniel L Cameron, Robert J Carroll, Esmeralda Casas-Silva, Debyani Chakravarty, Bimal P Chaudhari, Shu Hui Chen, J Michael Cherry, Justina Chung, Melissa Cline, Hayley L Clissold, Robert M Cook-Deegan, Mélanie Courtot, Fiona Cunningham, Miro Cupak, Robert M Davies, Danielle Denisko, Megan J Doerr, Lena I Dolman, Edward S Dove et L Jonathan Dursi et Stephanie OM Dyke et James A Eddy et Karen Eilbeck et Kyle P Ellrott et Susan Fairley et Khalid A Fakhro et Helen V Firth et Michael S Fitzsimons et Marc Fiume et Paul Flicek et Ian M Fore et Mallory A Freeberg et Robert R Freimuth et Lauren A Fromont et Jonathan Fuerth et Clara L Gaff et Weiniu Gan et Elena M Ghanaim et David Glazer et Robert C Green et Malachi Griffith et Obi L Griffith et Robert L Grossman et Tudor Groza et Jaime M Guidry Auvil et Roderic Guigó et Dipayan Gupta et Melissa A Haendel et Ada Hamosh et David P Hansen et Reece K Hart et Dean Mitchell Hartley et David Haussler et Rachele M Hendricks-Sturrup et Calvin WL Ho et Ashley E Hobb et Michael M Hoffman et Oliver M Hofmann et Petr Holub et Jacob Shujui Hsu et Jean-Pierre Hubaux et Sarah E Hunt et Ammar Husami et Julius O Jacobsen et Saumya S Jamuar et Elizabeth L Janes et Francis Jeanson et Aina Jené et Amber L Johns et Yann Joly et Steven JM Jones et Alexander Kanitz et Kazuto Kato et Thomas M Keane et Kristina Kekesi-Lafrance et Jerome Kelleher et Giselle Kerry et Seik-Soon Khor et Bartha M Knoppers et Melissa A Konopko et Kenjiro Kosaki et Martin Kuba et Jonathan Lawson et Rasko Leinonen et Stephanie Li et Michael F Lin et Mikael Linden et Xianglin Liu et Isuru Udara Liyanage et Javier Lopez et Anneke M Lucassen et Michael Lukowski et Alice L Mann et John Marshall et Michele Mattioni et Alejandro Metke-Jimenez et Anna Middleton et Richard J Milne et Fruzsina Molnár-Gábor et Nicola Mulder et Monica C Munoz-Torres et Rishi Nag et Hidewaki Nakagawa, Jamal Nasir, Arcadi Navarro, Tristan H. Nelson, Ania Niewielska, Amy Nisselle, Jeffrey Niu, Tommi H. Nyrönen, Brian D. O'Connor, Sabine Oesterle, Soichi Ogishima, Vivian Ota Wang, Laura A.D. Paglione, Emilio Palumbo, Helen E. Parkinson, Anthony A. Philippakis, Angel D. Pizarro, Andreas Prlic, Jordi Rambla, Augusto Rendon, Renée A. Rider, Peter N. Robinson et Kurt W. Rodarmer

2021

CanDIG : Réseau fédéré pancanadien pour la découverte et l’analyse de données multiomiques et de santé

Matthew Osmond, Taila Hartley, David A. Dyment, Kristin D. Kernohan, Michael Brudno, Orion J. Buske, A. Micheil Innes, Kym M. Boycott, Kym Boycott, François Bernier, Clara van Karnebeek, David Dyment, Kristin Kernohan, Micheil Innes, Ryan Lamont, Jillian Parboosingh, Deborah Marshall, Christian Marshall, Roberto Mendoza, James Dowling, Robin Hayeems, Bartha Knoppers, Anna Lehman et Sara Mostafavi

2022

Étude canadienne sur la métabolomique et la néphrotoxicité du cisplatine (ACCENT) : Protocole de recherche clinique

Anshika Jain, Ryan Huang, Jasmine Lee, Natasha Jawa, Yong Jin Lim, Mike Guron, Sharon Abish, Paul C. Boutros, Michael Brudno, Bruce Carleton, Geoffrey de Cuvelier, Lakshman Gunaratnam, Cheryl Ho, Khosrow Adeli, Sara Kuruvilla, Giles Lajoie, Geoffrey Liu, Paul C. Nathan, Shahrad Rod Rassekh, Michael Rieder, Sushrut S. Waikar, A. Welch, Matthew A. Weir, Eric Winquist, David S. Wishart, Alexandra P. Zorzi, Tom Blydt-Hansen, Michael Zappitelli et Bradley Urquhart

2021

Résultats de plus de 1 500 jumelages réalisés grâce à la plateforme Matchmaker Exchange pour la découverte de gènes de maladies rares : l’expérience de deux ans de Care4Rare Canada

Matthew Osmond, Taila Hartley, David A. Dyment, Kristin D. Kernohan, Michael Brudno, Orion J. Buske, A. Micheil Innes, Kym M. Boycott, Kym Boycott, François Bernier, Clara van Karnebeek, David Dyment, Kristin Kernohan, Micheil Innes, Ryan Lamont, Jillian Parboosingh, Deborah Marshall, Christian Marshall, Roberto Mendoza, James Dowling, Robin Hayeems, Bartha Knoppers, Anna Lehman et Sara Mostafavi

2022