Michael Brudno

Membre du corps professoral

Professeur, Département d’informatique, Université de Toronto

Chaire d’intelligence artificielle au Canada CIFAR

Scientifique en chef des données, University Health Network

Michael Brudno est professeur au département d’informatique de l’Université de Toronto, ainsi que scientifique en chef des données au University Health Network (UHN). Il est également membre du corps professoral de l’Institut Vector et directeur scientifique de HPC4Health, un nuage informatique privé pour les hôpitaux de l’Ontario. Son principal intérêt de recherche est le développement de méthodes computationnelles pour l’analyse de jeux de données cliniques et génomiques, en particulier la collecte de données cliniques précises auprès de cliniciens utilisant des interfaces utilisateur efficaces, ainsi que leur utilisation dans l’analyse automatisée des génomes. Ce travail se concentre sur la collecte de données phénotypiques structurées issues de rencontres cliniques, utilisant à la fois des interfaces utilisateur affinées, l’exploration de données non structurées (basée sur la méthodologie de l’apprentissage automatique), ainsi que l’analyse de données omiques (génome, transcriptome, épigénome) dans le contexte des phénotypes structurés des patients, principalement pour des maladies rares. Son objectif de recherche global est de permettre une analyse automatisée fluide des données omiques des patients, basée sur des informations capturées automatiquement lors d’une rencontre clinique, simplifiant ainsi les flux de travail cliniques et permettant des traitements plus rapides et meilleurs.

Après avoir obtenu un baccalauréat en informatique et histoire de l’UC Berkeley, Michael a obtenu son doctorat au département d’informatique de l’Université Stanford, où il a travaillé sur des algorithmes pour l’alignement du génome entier. Il a complété une bourse postdoctorale à UC Berkeley et a été chercheur invité au MIT. Il a reçu le prix Ontario Early Researcher et la bourse Sloan, ainsi que le prix du jeune informaticien canadien exceptionnel.

Intérêts de recherche

  • Médecine computationnelle
  • Biologie computationnelle
  • Interaction homme-machine

Publications

GA4GH : Politiques et normes internationales pour le partage de données en recherche génomique et en soins de santé

Heidi L Rehm, Angela JH Page, Lindsay Smith, Jeremy B Adams, Gil Alterovitz, Lawrence J Babb, Maxmillian P Barkley, Michael Baudis, Michael JS Beauvais, Tim Beck, Jacques S Beckmann, Sergi Beltran, David Bernick, Alexander Bernier, James K. Bonfield, Tiffany F. Boughtwood, Guillaume Bourque, Sarion R. Bowers, Anthony J Brookes, Michael Brudno, Matthew H. Brush, et David Bujold, Tony Burdett, Orion J Buske, Moran N Cabili, Daniel L Cameron, Robert J Carroll, Esmeralda Casas-Silva, Debyani Chakravarty, Bimal P Chaudhari, Shu Hui Chen, J. Michael Cherry, Justina Chung, Melissa Cline, Hayley L Clissell, Robert M Cook-Deegan, Mélanie Courtot, Fiona Cunningham, Miro Cupak, Robert M. Davies, Danielle Denisko, Megan J Doerr et Lena I Dolman et Edward S Dove et L Jonathan Dursi et Stephanie OM Dyke et James A Eddy et Karen Eilbeck et Kyle P. Ellrott et Susan Fairley et Khalid A Fakhro et Helen V Firth et Michael S Fitzsimons et Marc Fiume et Paul Flicek et Ian M Fore et Mallory A Freeberg et Robert R Freimuth et Lauren A Fromont et Jonathan Fuerth et Clara L Gaff et Weiniu Gan et Elena M Ghanaim, David Glazer, Robert C Green, Malachi Griffith, Obi L Griffith, Robert L. Grossman, Tudor Groza, Jaime M Guidry Auvil, Roderic Guigó, Dipayan Gupta, Melissa A Haendel, Ada Hamosh, David P. Hansen, Reece K. Hart, Dean Mitchell Hartley, David Haussler, Rachele M Hendricks-Sturrup, Calvin WL Ho, Ashley E Hobb, Michael M Hoffman, Oliver M Hofmann, et Petr Holub, Jacob Shujui Hsu, Jean-Pierre Hubaux, Sarah E Hunt, Ammar Husami, Julius O Jacobsen, Saumya S Jamuar, Elizabeth L Janes, Francis Jeanson, Aina Jené, Amber L Johns, Yann Joly, Steven JM Jones, Alexander Kanitz, Kazuto Kato, Thomas M Keane, Kristina Kekesi-Lafrance, Jerome Kelleher, Giselle Kerry, Seik-Soon Khor, Bartha M Knoppers et Melissa A Konopko et Kenjiro Kosaki et Martin Kuba et Jonathan Lawson et Rasko Leinonen et Stephanie Li et Michael F Lin et Mikael Linden et Xianglin Liu et Isuru Udara Liyanage et Javier Lopez et Anneke M Lucassen et Michael Lukowski et Alice L Mann et John Marshall et Michele Mattioni et Alejandro Metke-Jimenez et Anna Middleton et Richard J Milne et Fruzsina Molnár-Gábor et Nicola Mulder et Monica C Munoz-Torres et Rishi Nag et Hidewaki Nakagawa et Jamal Nasir et Arcadi Navarro et Tristan H Nelson et Ania Niewielska et Amy Nisselle et Jeffrey Niu et Tommi H Nyrönen et Brian D O’Connor et Sabine Oesterle et Soichi Ogishima et Vivian Ota Wang et Laura AD Paglione et Emilio Palumbo et Helen E Parkinson et Anthony A Philippakis et Angel D Pizarro et Andreas Prlic et Jordi Rambla et Augusto Rendon et Renée A Rider et Peter N Robinson et Kurt W Rodarmer

2021

CanDIG : Réseau fédéré à travers le Canada pour la découverte et l’analyse de données multi-omiques et de santé

Matthew Osmond et Taila Hartley et David A Dyment et Kristin D Kernohan et Michael Brudno et Orion J Buske et A Micheil Innes et Kym M Boycott et Kym Boycott et François Bernier et Clara van Karnebeek et David Dyment et Kristin Kernohan et Micheil Innes et Ryan Lamont et Jillian Parboosingh et Deborah Marshall et Christian Marshall et Roberto Mendoza et James Dowling et Robin Hayeems et Bartha Knoppers et Anna Lehman et Sara Mostafavi

2022

Une étude canadienne sur la métabolomique du cisplatine et la néphrotoxicité (ACCENT) : un protocole de recherche clinique

Anshika Jain, Ryan Huang, Jasmine Lee, Natasha Jawa, Yong Jin Lim, Mike Guron, Sharon Abish, Paul C Boutros, Michael Brudno, Bruce Carleton, Geoffrey DE Cuvelier, Lakshman Gunaratnam, Cheryl Ho, Khosrow Adeli, Sara Kuruvilla, Giles Lajoie, Geoffrey Liu, Paul C Nathan, Shahrad Rod Rassekh, Michael Rieder, Sushrut S Waikar, Stephen A Welch et Matthew A Weir et Eric Winquist et David S Wishart et Alexandra P Zorzi et Tom Blydt-Hansen et Michael Zappitelli et Bradley Urquhart

2021

Résultats de plus de 1 500 correspondances via le Matchmaker Exchange pour la découverte de gènes de maladies rares : l’expérience de 2 ans de Care4Rare Canada

Matthew Osmond et Taila Hartley et David A Dyment et Kristin D Kernohan et Michael Brudno et Orion J Buske et A Micheil Innes et Kym M Boycott et Kym Boycott et François Bernier et Clara van Karnebeek et David Dyment et Kristin Kernohan et Micheil Innes et Ryan Lamont et Jillian Parboosingh et Deborah Marshall et Christian Marshall et Roberto Mendoza et James Dowling et Robin Hayeems et Bartha Knoppers et Anna Lehman et Sara Mostafavi

2022